Citrix Reciever（Windows版）をコマンドからサイレントインストールする場合はインストーラーを以下のように/silentというパラーメーターを付けて実行するだけです。
CitrixReceiver.exe /silent
バッチファイル
サイレントインストールと同時に他のパラメーターも一緒に付けて行うバッチファイルを作るとしたら以下のようになります。***.batという名前を付けてCitrixReceiver.exeと同じ階層に保存して使います。
%~dp0CitrixReceiver.exe /silent ENABLEPRELAUNCH=True /EnableCEIP=false /includeSSON /STORE0="PNAgent;https://testserver.net/Citrix/PNAgent/config.xml;on;My PNAgent Site"
各パラメーターについて
ENABLEPRELAUNCH=True
アプリを高速起動させるため、セッションの事前起動を有効化。
/EnableCEIP=false
匿名の統計および使用状況をシトリックスに送信するカスタマーエクスペリエンス向上プログラム（CEIP）の参加を無効にします。
/includeSSON
シングルサインオンの有効化。HTTP接続の際はレジストリの追加が必要のようです。
参考：http://blog.goo.ne.jp/enaec/e/beeaaf9052092df137f18251cd4a8ecb
/STORE0=～
アカウントの追加（登録したいストア）の指定
レジストリ
指定したパラメーターは以下のレジストリに保存されているので、後で変更するこをも可能です。
- HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\[Wow6432Node\]Citrix\Dazzle
- HKEY_CURRENT_USER\Software\Citrix\Dazzle
参考ページ