SSDは使用しているうちに使い始めた当初に比べるとパフォーマンスが落ちるそうです。
使っているうちに空き領域に以前の情報が記録された部分が残っており、そこに新たな情報を書き込む際は古い情報をまず消してから記録するという動きをしているので、何も記録されていないところに書き込みを行う場合と比べて速度が遅くなるとのこと。
それを解消するため、IntelだとSSDオプティマイザーなど、Trimコマンドを実行してくれるソフトを、各SSDメーカーが出していますが、他社のSSDやRAID環境だと使えないみたいです。
しかし、Defragglerというフリーのデフラグソフトを使い、空き領域のデフラグを行うことで、速度低下を回復できるそうです。
Defragglerはフリーなのに空き領域のデフラグができるソフトで、実際にデフラグ前と後をDiskMarkで計測してみました。
（Intel SSD 320 120GBをSATA2（3Gbps）で接続した単体のSSD）
効果があるのか無いのか微妙なところですが、わずかに効果はあるようです。
このDefragglerはコマンド操作もできるようです。
cd C:\Program Files\Defraggler df.exe c: /sf
上記はCドライブの空き領域をデフラグする場合の例ですが、メモ帳などのテキストエディタで上記の内容を記載してdf.batなど、*.batで保存したバッチファイルをタスクスケジューラに登録すれば、定期的に空き領域のデフラグができます。
フリーソフトでここまでできるのはDefragglerくらいではないでしょうか。
その他のコマンド操作の引数は以下を参照ください。