フリーソフトを入れた途端ににWindowsの調子が悪くなったり、使っているうちにエクスプローラーが停止したりなど、おかしいなと思ったらコマンドプロンプトで修復スキャンをしてみると意外にあっさり直るかもしれません。
管理者権限でコマンドプロンプトを起動してして以下のコマンドを入力して試してみてください。
sfc /scannow
これでもダメならF8を押しながらコンピューターを起動時し、セーフモードで同じように行うか、インストールディスク起動しシステムの修復を試してみてください。
それでだめなら諦めてクリーンインストールするしかありません...。